เหตุใดเราจึงใช้การจัดลำดับ Sanger

2024 ผู้เขียน: Stanley Ellington | [email protected]. แก้ไขล่าสุด: 2023-12-16 00:24

ลำดับแซงเจอร์ เป็นแนวทางที่มีประสิทธิผลสำหรับการศึกษาการคัดกรองแบบแปรผันเมื่อจำนวนตัวอย่างทั้งหมดมีน้อย สำหรับการศึกษาการคัดกรองตัวแปรที่มีจำนวนตัวอย่างสูง amplicon ลำดับ ด้วย NGS มีประสิทธิภาพและคุ้มทุนมากขึ้น

ในทำนองเดียวกัน คุณอาจถามว่าจุดประสงค์ของการจัดลำดับ Sanger คืออะไร?

ลำดับแซงเจอร์ เป็นกระบวนการคัดเลือกการรวมตัวของไดดีออกซีนิวคลีโอไทด์ที่ปลายลูกโซ่ด้วยดีเอ็นเอโพลีเมอเรสระหว่างการจำลองดีเอ็นเอในหลอดทดลอง เป็นวิธีที่ใช้กันอย่างแพร่หลายในการตรวจจับ SNV

ทราบด้วยว่าเหตุใดจึงใช้ ddNTP ในการจัดลำดับ Sanger ไดดีออกซีนิวคลีโอไทด์ เป็นตัวยับยั้งการยืดตัวของลูกโซ่ของ ดีเอ็นเอ พอลิเมอเรส, ใช้แล้ว ใน แซงเกอร์ วิธีการ ลำดับดีเอ็นเอ . ดังนั้น โมเลกุลเหล่านี้จึงเป็นพื้นฐานของวิธีการสิ้นสุดสายโซ่ไดดีออกซีของ ลำดับดีเอ็นเอ ซึ่งรายงานโดย Frederick แซงเกอร์ และทีมงานในปี พ.ศ. 2520 เป็นการต่อยอดจากงานก่อนหน้านี้

ยังถามอีกว่าทำไม NGS ถึงดีกว่าแซงเจอร์?

แซงเกอร์ การจัดลำดับสามารถจัดลำดับได้ครั้งละหนึ่งส่วนเท่านั้น เพราะ NGS ใช้โฟลว์เซลล์ที่สามารถจับ DNA ได้หลายล้านชิ้น NGS สามารถอ่านลำดับทั้งหมดนี้ได้ในเวลาเดียวกัน คุณลักษณะปริมาณงานสูงนี้ทำให้คุ้มค่ามากเมื่อต้องจัดลำดับ DNA จำนวนมาก

สิ่งที่คุณต้องการสำหรับการจัดลำดับ Sanger?

ส่วนผสมสำหรับ ลำดับแซงเจอร์ ได้แก่ A ดีเอ็นเอ เอนไซม์พอลิเมอเรส ไพรเมอร์ซึ่งเป็นชิ้นสั้น ๆ ที่เป็นเกลียวเดียว ดีเอ็นเอ ที่ผูกมัดกับแม่แบบ ดีเอ็นเอ และทำหน้าที่เป็น "ตัวเริ่มต้น" สำหรับพอลิเมอเรส สี่ ดีเอ็นเอ นิวคลีโอไทด์ (dATP, dTTP, dCTP, dGTP)